부산대학교의 교육 이념인 진리, 자유, 봉사를 바탕으로 하여, 교양과 인상을 함양하고 전문성과 탐구하는 자세를 갖추어 지역사회와 세계의 발전에 이바지하는 의사를 양성하는 것을 목적으로 한다. 이를 위해 다원화된 사회와 소통하는 양식 있는 의사, 과학적 지식을 바탕으로 탁월한 진료 능력을 가진 의사, 창의적으로 탐구하고 스스로 배우고 가르치는 의사, 국제적 안목을 갖추고 지역사회에 헌신하는 의사를 양성하는 것을 목표로 한다.

의학과는 질병을 예방하고 치료하며 건강을 유지 증진하려는 의사를 배출하기 위한 학과이므로, 장래에 의사 국가고시를 통해 의사 면허를 획득하고 임상 의사가 되어 일차 진료를 담당하거나, 기초 및 임상 의학 연구를 담당할 의학연구자, 인문의학자, 의학교육자, 의료관리자 등이 되고자 하는 학생들이 지망하여야 한다. 2017학년도부터 의학전문대학원에서 의과대학 체제로 전환하여 현재는 의과대학 의예과 수료생들이 의학과로 진입하여 입학하고 있다.

의학과는 1953년에 설립된 부산대학교 문과대학 의예과에 입학한 학생들이 수료를 하고 1955년에 본과인 의과대학 의학과에서 입학한 것을 시초로 하여 1955년 의과대학 개교 이래 2009년까지 의과대학 의학사 5,931명과 2010년부터 의학전문대학원 의무석사 1,170여명을 배출하여, 현재까지 총 7,100여명의 졸업생이 배출되었다. 2017년 11월 기준으로 150명의 기초의학 및 임상의학 분야의 전임교수와 141명의 기금교수 등 총 291명의 교수들이 교육, 연구 및 진료에 전념하고 있다. 2006년에 의과대학에서 의학전문대학원 체제로 전환하였고, 첨단의료기술과 생명과학의 발전을 선도하고자 2008년 12월에 의학전문대학원을 부산대학교의 아미동캠퍼스에서 양산캠퍼스로 이전하여 메디컬 허브의 중심으로서 선도적 역할을 하고 있다. 의생명과학 특화 캠퍼스로서 의학전문대학원 본관 건물에 2개의 계단식 첨단강의실을 포함한 총 4개의 강의실과 국내최초로 설치된 의학시뮬레이션센터, 국내 최대 규모의 멀티미디어 의료정보학실, 최첨단 해부실습실 등 의학 교육을 위한 첨단시설을 갖추고 있다. 아울러 쾌적한 기숙사, 자율학습을 위한 정독실, 다양한 과외 활동을 위한 동아리실, 다양한 체육시설로 지덕체의 균형 성장을 위한 전인적 교육환경도 제공하고 있다. 또한 최신 장비가 구비된 공동실험실습실과 기초의학 실험실습실 등의 설비와 신축된 의생명과학도서관 등의 연구 지원시설은 학생들의 학습과 교수들의 연구에 최고의 환경을 제공하고 있다. 임상의학의 경우, 1995년에 의과대학 부속병원이 부산대학교병원으로 법인화됨에 따라 최신 의료 장비와 첨단 기술을 갖춘 의료진을 확보함으로써 교육과 진료에 임하게 되었고, 2005년에 보건복지부로부터 지역암센타로 지정되어 새로운 암센타 건립과 함께 지역사회에서의 암예방, 진단, 치료에 크게 기여하게 되었다. 최근에는 국가에서 지원하는 국내 최초의 외상전문센터 건립, 호흡기전문질환센터 유치와 건립 그리고 중증질환센터(외상, 심장질환, 뇌질환) 설립을 통하여 아미동 본원이 미래지향적인 도심형 메디컬센터로 거듭나기 위한 변신을 활발히 진행하고 있다. 2008년에 양산부산대학교병원의 개원으로 아미동캠퍼스와 양산캠퍼스 소재 2개의 초대형 병원에서 초특급 임상 교육과 진료 환경을 확보하였다. 특히 의생명특화 양산캠퍼스에는 양산부산대학교병원 뿐 만 아니라, 어린이병원, 재활병원 등 다양한 특성화 병원과 진료센터 들이 속속 건립되고 있어서 전국의 의료계를 선도하는 우수한 인력과 의학자의 양성에 크게 기여하면서 새로운 도약의 시대를 열어 가고 있다.